In epoca preincaica le popolazioni vivevano in clan (ayllu), ciascuno con una propria divinità totemica e un dialetto proprio. Alcuni di questi clan si estesero fino a diventare nazione. Si formarono anche potenti confederazioni, ma nel sec. XII esse dovettero cedere davanti all'espansionismo degli Incas.

Gli Incas imposero l’uso della lingua quechua che soppiantò i dialetti locali e divenne col tempo la lingua universalmente parlata negli altopiani. All'inizio del sec. XVI l'inca Huayna Cápac trasportò la capitale a Quito, che divenne il centro di un vasto impero esteso per un milione di km². Alla sua morte (1525), l'impero fu diviso fra i suoi due figli e Quito rimase capitale della parte assegnata ad Atahualpa (1525-33).

Nel 1528 Francisco Pizarro  Diego de Almagro, per prepararsi alla conquista del Perù, esplorarono le coste ecuadoriane. Spettò però a Sebastiàn de Belalcázar il compito di occupare l'Ecuador, dopo l'assassinio dell'inca Atahualpa. Primo governatore della colonia fu dal 1540 Gonzalo Pizarro, fratellastro di Francisco, che si spinse anche entro le foreste amazzoniche.

Sede di Real Audiencia dal 1563, l'Ecuador fece parte del Vicereame del Perù fino al 1717, e poi del neocostituito Vicereame della Nuova Granada.

L’organizzazione politico-amministrativa e la struttura economico-sociale ricalcò quella delle altre colonie spagnole nell'America Meridionale. Gli spagnoli, dopo aver razziato oro e gioielli, si divisero col sistema dell’encomienda la terra e gli indios, dando vita a un’economia agricola basata sul grande latifondo. Quito conobbe un notevole sviluppo grazie alla sua collocazione lungo la via di comunicazione interna tra i possedimenti caraibici e Lima.

Gradualmente, si assestò un'oligarchia latifondista di origine spagnola, al di sopra della grande massa indigena, costretta al lavoro agricolo e ai più umili servizi domestici o artigianali; al centro, fra queste due categorie, il ceto mercantile e burocratico, di estrazione europea ma nativo del posto (criollo). Appunto fra i criollos sul finire del sec. XVIII cominciarono a serpeggiare tendenze autonomistiche, che presto si tradussero in aspirazioni all'indipendenza. Il più autorevole propugnatore di tali idee fu Francisco Eugenio Espejo de Santa Cruz, che morì in carcere nel 1796. Il 10 agosto 1809 insorti criollos destituirono le autorità iberiche e insediarono una giunta rivoluzionaria. L’indipendenza giunse soltanto dopo le vittorie militari nel 1822. L'Ecuador poté così aderire – come terzo membro insieme con Colombia e Venezuela – alla Repubblica della Gran Colombia, istituita da Simón Bolívar nel dicembre 1819. Ma nel 1830 l'unione si sgretolò e ognuno dei suoi componenti diventò Stato sovrano. L'Ecuador si diede la prima Costituzione nazionale il 23 settembre 1830 ed elesse presidente della Repubblica il generale Juan José Flores, esponente dell'aristocrazia creola e rappresentante degli interessi degli oligarchi dell'entroterra, osteggiato dai liberali, forti soprattutto nella zona costiera e mercantile di Guayaquil. La lotta tra liberali, laici, che rappresentavano gli interessi della borghesia costiera (costeños), e conservatori, schierati a fianco delle gerarchie ecclesiastiche ed espressione dell’aristocrazia terriera dell’interno (serranos), continuò nel tempo; numerosi presidenti, esponenti ora dell’uno ora dell’altro partito, si alternarono al governo del paese, tra colpi di stato e guerre civili, dando vita a regimi fortemente autoritari quando non decisamente dittatoriali.

Fernando Daquilema viene considerato il "padre" dei contadini indios. Nato intorno al 1845, fu a capo di una rivolta di diecimila contadini indigeni contro l'oppressione e lo sfruttamento dei padroni. Venne fucilato nel 1872, a 27 anni. La rivolta fu combattuta senza distinzione da uomini e donne, tanto che in battaglia una ragazza, la “capitana” Manuela León, fu al comando di centinaia di indios. Di lei non si seppe più nulla, ma risulta che un Manuel León sia stato passato per le armi senza processo: probabilmente, nel caos del momento, la “capitana”, volutamente o per errore, fu scambiata per un uomo.

Una fase di relativo sviluppo si ebbe con la presidenza del liberale Eloy Alfaro (due mandati: 1895-1902 e 1906-1911): modificò la Costituzione in senso “illuminato”, tollerante e laico (la separazione tra Stato e Chiesa e la laicità sono tuttora vigenti) e cercò di modernizzare il Paese, ad esempio, con la realizzazione di nuove strade, ferrovie e scuole. Alla scadenza del suo secondo mandato, scoppiò un’ennesima rivolta e finì assassinato. In quegli anni cominciarono a svilupparsi i movimenti socialisti e sindacali che si contrapponevano al binomio liberal-conservatore, mentre il Paese finiva spesso sotto interventi e golpe militari o governi populisti.